PACKAGES

cluster | factoextra | gplots

Cluster: K-means

r.kmeans esegue una partitioning clustering K-means.

Argomenti: [1]

  • varlist: l’elenco delle variabili da utilizzare nell’analisi
  • Determinazione del numero di cluster:
    • :method => :silhouette|:wss|:gap_stat: il metodo di stima del numero ottimale di cluster (default: :gap_sta)
    • :kmax => num: il numero massimo di cluster da considerare (default: 10)
    • :nboot => num: il numero di Monte Carlo samples per il calcolo della statistica gap (default: 100)
  • Clustering:
    • :k => num|:auto: il numero di cluster da generare oppure :auto per determinare il numero dei cluster in base al metodo :silhouette (default: :auto)
    • :centers => [[], [], ...]: l’array dei centri dei cluster come array dei valori di ciascuna variabile su ogni cluster
    • :nstart => num: il numero di partizioni iniziali random tra cui viene scelta quella con la più bassa varianza all’interno del cluster (default: 25)
    • :scale => true|false: se standardizzare o meno le variabili (default: true)
    • :cluster => name: il nome della variabile cluster

Tabelle disponibili:

  • :analysis: riepilogo dei parametri dell’analisi
  • :clus: la distribuzione dei cluster
  • :squares: scarti quadratici medi all’interno dei cluster e tra i cluster
  • :centers: i centri (medie) degli scarti
  • :descrv: la descrizione dei cluster in base alle variabili originarie

Grafici disponibili:

  • :dist: la matrice di dissimilarità
  • :nclu: il numero ottimale di cluster
  • :fctmap: i cluster plottati sul piano delle prime due componenti principali
  • :heatmap: heat map dei centri dei cluster

Metodi dell’oggetto restituito:

  • centers(false|true): restituisce i centri dei cluster:
    • true: come hash con i nomi delle variabili
    • false: senza i nomi delle variabili come array di array di ciascun cluster (default)
1
2
model = [:murder, :assault, :urbanpop, :rape]
r.kmeans model, :rownames => :state, :k => :auto, :palette => 12
_images/kmeans_1.png
_images/kmeans_dist.png
_images/kmeans_nclu.png
_images/kmeans_fctmap.png
_images/kmeans_2.png
_images/kmeans_3.png
_images/kmeans_heatmap.png
_images/kmeans_4.png
_images/kmeans_5.png


Note

[1]MacQueen, J. (1967) Some methods for classification and analysis of multivariate observations. Proceedings of the Fifth Berkeley Symposium on Mathematical Statistics and Probability, Volume 1: Statistics, 281-297, University of California Press, Berkeley, Calif. https://projecteuclid.org/euclid.bsmsp/1200512992
[2]Consultare Analisi per l’elenco dei parametri generali.