Cluster: PAM¶

r.pam esegue una partitioning clustering K-medoids o PAM (Partitioning Around Medoids).

PAM è un metodo più robusto rispetto a K-means, ma è più impegnativo dal punto di vista computazionale, pertanto, nel caso di matrici di dimensioni considerevoli, può essere necessario modificare i valori di default dei parametri.

Argomenti: [1]

varlist: l’elenco delle variabili da utilizzare nell’analisi
Determinazione del numero di cluster:
- :method => :silhouette|:wss|:gap_stat: il metodo di stima del numero ottimale di cluster (default: :gap_sta)
- :kmax => num: il numero massimo di cluster da considerare (default: 10)
- :nboot => num: il numero di Monte Carlo samples per il calcolo della statistica gap (default: 100)
Clustering:
- :k => num|:auto: il numero di cluster da generare oppure :auto per determinare il numero dei cluster in base al metodo :silhouette (default: :auto)
- :scale => true|false: se standardizzare o meno le variabili (default: true)
- :cluster => name: il nome della variabile cluster

Tabelle disponibili:

:analysis: riepilogo dei parametri dell’analisi

:silh: punti con valori di silhouette negativi (associato al grafico :silh)

:clus: la distribuzione dei cluster

:med: i medoidi dei cluster

:stats: statistiche dei cluster

:descrv: la descrizione dei cluster in base alle variabili originarie

Grafici disponibili:

:dist: la matrice di dissimilarità

:nclu: il numero ottimale di cluster

:fctmap: i cluster plottati sul piano delle prime due componenti principali

:silh: cluster silhouette

Metodi dell’oggetto restituito:

centers(false|true): restituisce i centri dei cluster:

true: come array di hash con i nomi delle variabili

false: senza i nomi delle variabili come array di arrai (default)

model = [:murder, :assault, :urbanpop, :rape]
r.pam model, :rownames => :state, :method => :gap_stat, :k => 3, :palette => 12

Note

[1]	Kaufman, L. and Rousseeuw, P.J. (1990) Partitioning Around Medoids (Program PAM), in Finding Groups in Data: An Introduction to Cluster Analysis, Wiley, New York.

[2]	Consultare Analisi per l’elenco dei parametri generali.